南极磷虾的蕴藏量丰富的十分惊人，据1981～1990年，由南极研究科学委员会和海洋研究科学委员会等国际组织联合的海上调查，多个国家参加的两次《南大洋生物资源储量调查》统计，南大洋磷虾资源的蕴藏量保守的估算也有6～10 亿吨，也有人估计有50亿吨之多。据此，生物学家们估计，如果每年磷虾的捕获量不超过5000万吨的话，不会影响南大洋海域的生态平衡，磷虾会正常地生长与发展。

有意思的是，南极磷虾有结群的习性，经常在200米左右的水层形成密集的群体。在海上结群的磷虾有时会延伸到方圆几公里，每立方米水中有3万多只磷虾，从而使得海水也为之变色：在白天海面呈现一片浅褐色；到了晚上，则出现一片荧光，黑夜的月影下海水磷光闪烁，那画面神秘而惊艳。这是因为，南极磷虾有生物萤光器官，可以产生光。

这些器官分布在南极磷虾的不同部位：一对在眼柱、另一对在第二至第七胸足的位置，及一个在腹片。这些发光器官能每隔2～3秒发出黄绿色的光。这些器官是高度发达，可以与电筒相比较：在器官的后面有一个凹反射体及在前方有一个晶体负责引导产生的光线，而整个器官可以用肌肉来旋转。这些光的功能仍是未知，有些假说指这些光是遮掩南极磷虾的影，在捕猎者前“隐形”；另一些猜测指这些光是对交配或夜间聚集有重要作用。南极磷虾的生物萤光器官包含了几种萤光物质。主要成分的最大萤光激发光及发射光分别可达355纳米及510纳米。

南极磷虾是南极洲生态系统的重点物种，并且为鲸鱼、海豹、豹形海豹、海狗、食蟹海豹、鱿鱼、冰鱼、企鹅、信天翁及其他的鸟类提供了重要的食物来源。食蟹海豹有着特别的牙齿，就像一个完美的隔筛，可以从水中筛出南极磷虾。

食蟹海豹是世界上最多的海豹，它的98%食物就是南极磷虾，每年消耗超过6300万吨。 豹形海豹亦有着相似的牙齿，南极磷虾是它饮食的45%。所有海豹每年一共消耗6千3百万至1亿3千万吨的南极磷虾，所有鲸鱼就消耗3400万至4300万吨，鸟类约1500百万至2000万吨，鱿鱼约3000万至1亿吨，而鱼类则是1000万至2000万吨，总计每年是万至万吨。

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